Βιοπληροφορική

Ο κλάδος της βιοπληροφορικής σήμερα θεωρείται, παγκόσμια, ένας από τους πλέον αναπτυσσόμενους, ενώ έχει ήδη επιδείξει σημαντικά επιτεύγματα και έχει συγκεντρώσει ιδιαίτερα σημαντικές επενδύσεις. Είναι η επιστήμη που γεννάται και αναπτύσσεται από τη σύγκλιση της Βιοτεχνολογίας και της Πληροφορικής και στοχεύει στο σχεδιασμό εργαλείων λογισμικού, με σκοπό τη διευκόλυνση και την επιτάχυνση της βιολογικής της ιατρικής και της φαρμακευτικής έρευνας.

Το μάθημα πραγματεύεται τις εισαγωγικές έννοιες της βιοπληροφορικής, τους βασικούς αλγορίθμους και τα προβλήματα στα οποία αυτοί βρίσκουν εφαρμογή. Μεταξύ αυτών μελετώνται οι αλγόριθμοι στοίχισης αλληλουχιών, οι τεχνικές μοντελοποίησης βιολογικής πληροφορίας καθώς και οι μέθοδοι λειτουργικής ανάλυσης γονιδίων και απεικόνισης μακρομορίων.

Το πρακτικό μέρος περιλαμβάνει τη γνωριμία των φοιτητών με τις κυριότερες βάσεις δεδομένων και την εξοικείωσή τους με διαθέσιμα εργαλεία που υλοποιούν τις παραπάνω τεχνικές μέσα από αντιπροσωπευτικές ασκήσεις και σενάρια χρήσης που έχουν ιατρικές εφαρμογές.

Επίσης, επικεντρώνεται σε εφαρμογές της Βιοπληροφορικής στην Ιατρική με τη βοήθεια σύγχρονων τεχνικών επεξεργασίας οι οποίες ανταποκρίνονται στην ανάγκη: α) ανάλυσης πολύ μεγάλου όγκου δεδομένων και β) ενοποιημένης επεξεργασίας των δεδομένων αυτών.

Περιγράφονται οι βασικές αρχές που διέπουν υψηλής απόδοσης τεχνολογίες όπως οι μικροσυστοιχίες και οι τεχνολογίες αλληλούχισης επόμενης γενιάς και αναλύονται τα βήματα υπολογιστικής ανάλυσης σε βασικές εφαρμογές αυτών, όπως ο εντοπισμός πολυμορφισμών και η γονιδιακή έκφραση.

Η εισαγωγή σε προγραμματιστικά περιβάλλοντα αποσκοπεί στη γνωριμία των φοιτητών με εργαλεία απαραίτητα στις υπολογιστικές αναλύσεις και φιλικά προς τον χρήστη.